一般增值税纳税人（以下简称纳税人）于2016年5月1日以后取得的按会计制度固定资产核算的房地产，以及2016年5月1日以后在建的房地产，进项税额按本办法有关规定，分两年从销项税额中扣除，年扣除60%，第二年扣除40%。本案主要探讨特殊税收处理方式。当公司吸收合并时，就取消了。40%的进项税在哪里扣除？
根据**税务总局2016年第15号公告（以下简称第15号公告）第三条规定，纳税人在2016年5月1日以后为新建房地产或者改建、扩建购买货物、设计服务、施工服务的进项税额，房地产修缮装修，使房地产原值增加50%以上的，按照本办法有关规定，在两年内从销项税额中扣除。房地产原值，是指取得房地产时的原价或者原价。以上两年从销项税额中扣除的购进货物，是指构成房地产主体的材料和设备，包括建筑装饰材料、给排水、采暖、卫生、通风、照明、通信、燃气、消防、中央空调、电梯、电气等，智能建筑设备及配套设施。第四条纳税人依照本办法规定从销项税额中抵扣进项税额的，应当取得2016年5月1日后颁发的合法有效的增值税抵扣证明。上述进项税额的60%在取得抵扣凭证的当期从销项税额中扣除；40%在取得抵扣凭证的当月起第13个月从销项税额中扣除。第十条纳税人办理注销税务登记，应当在注销清算当期从销项税额中扣除未全额扣除的进项税额。第十二条纳税人分期扣除房地产进项税额的，应当如实填写并报送增值税纳税申报表的附表。从第三条、第四条、第十条、第十二条的组合来看，销项税额本期抵扣进项税额的问题是否已经解决？
虽然15号公告第十条规定，纳税人注销税务登记时，在注销清算当期，应当从销项税额中扣除尚未全部抵扣的进项税额，这里所说的注销清算与特殊税收待遇的吸收合并在性质上是不同的。公司注销登记，必须经过清算、清理债权债务、处分剩余财产、注销登记，方可解除法人资格。因为公司的注销只是缩小了公司民事权利能力的范围。公司进入清算程序后，方可存续，但不得开展与清算无关的经营活动。因此，撤销清算是公司法人资格消灭的两种行为。清算撤销后，公司债权、资产全部清理完毕，债务全部清偿，公司法人资格消灭，公司全面关闭。如果只注销而不清算呢？只有注销，不清算，那么公司的债权、债权和资产才有确定的余地，还有债权、待处置的资产和待偿还的债务。
回到本案讨论的特殊税收待遇吸收合并，根据财税[2009]59号文（以下简称59号文）第六条第（四）项企业合并，企业股东在企业合并时取得的股权支付金额不得低于交易支付总额的85%，同一控制下企业合并不支付对价的，可以按照下列规定进行固定处理：
一、被合并企业的资产、负债的计税基础，由被合并企业接受，按照原被合并企业的计税基础确定。
二、被合并企业合并前的有关所得税事项，由被合并企业继承。
三、被合并企业能够弥补的亏损限额=被合并企业净资产公允价值×合并企业发生时年末**发行的长期限国债利率。
四、被合并企业股东取得被合并企业股权的计税基础，按照其原持有的被合并企业股权的计税基础确定。
被合并企业注销后的资产负债情况如何？根据59号文件第四条第四款规定，除适用本通知规定的特殊税收处理规定外，还应当按照下列规定进行税收处理：（4）企业合并，应当按照下列规定办理：
一、被合并企业资产、负债的计税基础，按照被合并企业的公允价值确定。
二、对被合并企业及其股东，按照清算情况进行所得税处理。
三、被合并企业的亏损，不在被合并企业结转弥补。
除59号文规定的特殊税收待遇外，对被合并企业及其股东按照清算程序进行所得税处理；此外，财税[2009]60号文第2条规定，下列企业实行清算所得税处理：（一）依照《公司法》、《企业破产法》等规定需要清算的企业；（二）企业重组需要清算的企业。吸收合并采取特殊税收待遇的，企业将注销但不清算，被注销企业的资产和负债继续存在，接受被吸收方的债权、资产和负债。
根据上述政策规定，本案吸收合并采取特殊税收待遇，吸收合并时不进行注销清算，将被吸收方的债权、债务和资产转移给吸收方继续存续，则其应抵扣的固定资产40%为债权性质的进项税，自吸收合并当月起，吸收合并后转入吸收方，连续计算13个月的抵扣时间，故“第15号公告第10条，2016年，纳税人办理注销税务登记时，应在注销清算当期从销项税额中扣除未全额扣除的进项税额。”
公司注销时，应在哪里扣除进项税？纳税人对税收征管的解释还是比较认可的，所以本文只是一个建议，仅此而已！