一、 接受
税务人员根据下列情况分别办理：
（1） 纳税人提交的材料齐全，符合法定形式的，纳税人应当受理纳税申报。
（2） 纳税人提交的资料不完整或者不符合法定形式的，应当制作税务事项通知书（补正通知书），一次性告知纳税人补正内容。
（3） 依法不属于本机关职权范围或者业务受理范围的，应当制作税务通知书（驳回通知书），告知纳税人驳回理由。
二、 考察团
税务机关根据是否有疑问，决定是否进行调查检查。需要进行调查检查的，应当核实纳税人的纳税申报和纳税情况。如有疑问，企业还可以提供税务中介服务机构出具的鉴证报告。
三、 完税申报
根据调查检查反馈，决定是否申报清关。
（1） 纳税义务人已办结的，由税务机关发给完税证明。
（2） 经调查发现纳税人有未尽事宜的，应当制发《税务事项通知单》（《纳税人未尽清税事项通知单》），并通知纳税人及时处理。如：土地增值税纳税人未完成土地增值税清算的；企业所得税纳税人未完成企业所得税清算的；纳税人多缴（含预付、退、不退）税款的；
（3） 纳税人变更住所、营业场所，涉及税务登记机关变更的，不再办理业务。
（4） 涉嫌偷税、骗税、反税、虚开发票，需要立案查处的，移送稽查部门处理。
四、发行
根据结清税款的结果，由受理税务机关确认一个纳税人结清应纳税款、多缴（免）税、滞纳金和罚款，并将发票和有关凭证付清后，发给纳税人完税证明，并提醒纳税人凭税务机关出具的完税证明到市场监管部门办理注销登记。通过外部信息交换系统，将纳税结算信息（包括单证跟踪信息）共享到省级信息共享交换平台。
五、备案
除提交资料清单中所列需归档的资料外，还应归档下列资料。增值税一般纳税人资产重组进项留成税转移表
六、竣工期限
管理部门在验证和检验过程中发现下列情况的，暂停处理期限：
（1） 发现涉嫌盗窃、逃逸、欺骗、拒税或者虚开发票等重大事项的；
（3） 暂停**税务总局规定的注销期限。
相关事项办结后，可以继续办理完税申报，并计算办理期限。